实践中的一些政府投资项目，在实施过程中常产生一系列变更，有的项目竣工结算时甚至有几百份变更，对项目的投资控制很是不利，归根结底，主要有以下原因：
1、前期项目定位不清晰，可行性研究深度不够，导致决策不科学
在项目前期决策阶段，一些业主对项目可行性研究不够重视或项目着急上马，没有进行充分的市场调研和深度的可行性研究，对项目建设将解决什么样的问题、实现什么样的功能、满足什么样的要求、达到什么样的水平等方面不够清晰。导致项目决策不够科学。
2、基本建设程序不规范
项目在没有履行必要建设程序，无设计图纸的情况下就开工建设，造成边设计、边施工、边变更，对变更的必要性和合理性缺乏论证和监督，对变更责任没有明确划分，造成工程造价超过批准的投资限额和大量的浪费。
3、《发包人要求》深度不够或招标控制价设置不合理
对于EPC工程总承包项目，招标文件中的《发包人要求》不完整或深度不够，未对功能要求、工程范围、工艺安排或要求、时间要求、技术要求、竣工试验、竣工验收、竣工后试验、文件要求、工程项目管理规定、其他要求等做出适合本项目的完整要求，导致后期施工内容或标准变更。
对于采用总价包干模式的EPC项目，由于概算批复较早，概算材料价格与招标时点材料价格可能存在较大差异，或者由于新规范、新工艺的出现，使概算金额存在较大偏差。建设单位未考虑上述因素或由于工期紧张或出于对程序的畏惧，未报请原概算审批单位进行调整，直接在原已批复概算下下浮作为招标控制价，可能导致中标价远低于实际施工成本，最终在实施过程中通过变更来弥补。
对于施工总承包项目，招标清单缺漏项、材料设备询价不合理，都可能引发后期施工中产生变更。
4、工程勘察设计质量差
一是工程地质勘察不准确，与实际地质情况不相符，导致基础设计被迫调整；二是设计单位水平不高，设计质量差，图纸审查把关不严，设计方案不合理、图纸设计深度不够，存在大量设计失误，造成施工中大量的工程变更和设计修改。
5、建设单位投资控制意识低
有些政府投资项目缺乏工程专业技术人员和工程管理经验，往往将抓工期、抓安全、建设形象摆在工程建设的第一位，对设计变更、工程量增加等缺乏管控。
6、施工单位管理不规范
一些施工单位出于利润最大化考虑，擅自变更修改。中标后，以施工技术、市场因素或图纸优化等要求工程变更，增加工程量以获取高额利润。
7、监理单位人员履责不到位
监理人员水平参差不齐，人员更换频繁，对工程变更审核不严，对施工单位提出的变更一律签字认可。监理的履责不到位，是造成工程变更的重要原因。
8、行政干预
由于政府投资项目的特点，难免出现各级领导对工程建设的行政干预，为了达到领导的意图和要求，建设单位往往对原设计进行大量的变更，扩大建设规模或者提高建设标准。
