大西北的陕、甘、宁、青等省，自元代以来即为回民聚居区，据文献记载，西安城厢内外及渭水两岸，从宁夏到甘肃平凉千余里，回族村寨星罗棋布。
太平天国起义后，烽火遍及半个中国，清廷为了将其镇压下去，调集重兵围追堵截，因中央财政吃紧，遂命财政有余省份从钱粮中分拨一部分解运至因战乱而财力不足的省份，谓之“协饷”。如此一来，暂时平静的西北地区协饷加重，加上天灾人祸接踵而至，致使民不聊生。
同治元年（1862）五月，远征西北的太平军在扶王陈得才、遵王赖文光等的率领下，抵达陕西省府西安以东的渭南，当地的回民不堪忍受官府多如牛毛的苛捐杂税及强行摊派，纷纷举兵响应，史称“同治回乱”。
白彦虎（想象图）
陈得才部太平军入渭南后，曾与当地回民武装取得联系 ， 联手作战，一举攻克勉县、汉中、城固等地。后陈得才率部南下湖北，欲解天京之围，双方的合作方告结束。
史载，回民暴动军以渭南仓渡镇、同州（今陕西大荔）王阁村、羌白镇为根据地，首领为回教（伊斯兰教）伊玛目（阿訇）洪兴、任武、郝明堂等人，组编成18大营，控制渭河两岸。回军骁勇，屡次击败前来进剿的清军。
1863年初，清廷派满族悍将多隆阿为钦差大臣，率所部黑龙江马队（骑兵）西上剿回，多隆阿剽悍善战，所部能骑善射，甚是勇猛，入陕后很快攻占了回军基地王阁村与羌白镇，回民军死伤颇重。
左宗棠
1864年，在清军的残酷围剿下，陕西回民军被迫撤往甘肃。在此期间，甘肃、宁夏、青海河湟地区的西宁、海东回民也同时起义，以声援陕西回军。回民暴动军在与清军的鏖战中逐渐形成了4支力量：马占鳌部，在甘肃南部，以河州、狄道（今临夏、临洮）为中心；马化龙部，地盘在宁夏南部，以灵州（今灵武）、金积堡为中心 ；马文义（马尕三）部，盘踞青海东部，以西宁、海东为中心；马文禄部，占据甘肃西部，以肃州（酒泉）为中心。四股力量以金积堡马化龙部人数最多，枪械最利，实力最强，成为回民军的中心。
在这场战事中，因一些错综复杂的历史遗留原因，回、汉两族在陕西、甘肃及宁夏的部分地区相互仇杀，部分回族首领（阿訇）欲乘晚清内忧外患频仍，时局动荡，太平军、西捻军牵制了大批清军的有利时机，企图在西北地区建立一个政教合一的伊斯兰国家。
清史记载，部分凶狠残暴、仇视汉人的回军首领如马化龙、白彦虎等暗中发动、怂恿回民“传贴杀人”。白彦虎等人欲借太平军、捻军大举西征，趁清军主力南调、疲于应对、 兵力空虚之际，起兵屠尽陕、甘（宁夏、青海部分地区）汉人，在黄河以西的广袤地区建立一个所谓的“伊斯兰国家” 。
据事后统计，这场惨烈的搏杀共造成数百万人（有500万、800万，2000万三种说法 ）死难（陕西汉民被屠一百万，甘肃200万左右，宁夏亦有近百万汉民被杀，其余的死伤难以理清 ），陕西兴平 、户县、周至以及甘肃镇原、平凉、华亭、隆德、肃州、宁夏灵州等府县的许多村镇成为废墟，人烟灭绝，鸡犬绝迹，尸横遍野，虎狼白昼横行，几成人间地狱...据说还有300万左右的回民死于这场动乱
1868年，清廷任左宗棠为钦差大臣、陕甘总督，率楚军西上平叛。左宗棠招降了在陕甘交界处以董福祥为首的散兵游勇以及股匪刀客。1869年，左宗棠部镇压了宁夏马化龙部回军，移师向西，屯驻静宁、定西。1871年，左宗棠率部攻克金积堡。1872年广河太子寺之战中，马占鳌率回军与清军激战，回军获胜，左宗棠部将、提督傅先宗、徐文秀阵亡。随后，左部反攻，甘南回军全部覆灭。同年，左宗棠部楚军又击败青海回军，攻占了西宁，擒占马尕三（马文义 ），另一个首领马永福率残部投降。
1873年， 在左部的凌厉进攻下，盘踞甘肃西部的马文禄部回军溃散，马文禄投降后被杀，杀人最多的白彦虎部沿河西走廊逃往新疆，后在左部的追歼下逃入俄罗斯（后裔是今天中亚的东干人）境内。楚军占领肃州。西北回乱经过12年的残酷搏杀，至此全部失败。
