财务人员在收到通行费发票时，可能会有疑问为何有些通行费发票税率是3%，有些是9%呢，主要是因为收费主体身份、业务性质以及增值税计税方式不同导致的。以下是具体原因及分类说明：
一、税率差异的根本原因
收费主体类型不同
政府还贷性公路（如部分高速公路）：由政府部门或事业单位管理，属于“非经营性”收费，通常按 3%简易计税。
经营性公路（如企业投资建设的高速公路）：由企业运营，属于“经营性”收费，按 9%一般计税。
增值税计税方式不同
简易计税（3%）：适用于小规模纳税人或符合条件的特定业务（如不动产经营租赁），不得抵扣进项税。
一般计税（9%）：适用于一般纳税人，可开具增值税专用发票并抵扣进项税。
二、具体分类与税率对照表
通行费类型税率计税方式发票类型能否抵扣进项税
政府还贷性公路3%简易计税通行费电子普通发票可计算抵扣（需注明税额）
经营性公路9%一般计税增值税专用发票可全额抵扣（需勾选认证）
桥、闸通行费5%简易计税通行费电子普通发票可计算抵扣（按5%税率）
三、常见场景示例
场景1：收到3%通行费电子普通发票
原因：收费方为政府还贷性公路管理单位，选择简易计税。
处理：按发票上注明的税额计算抵扣（如发票金额100元，税额3元，可抵3元进项税）。
场景2：收到9%增值税专用发票
原因：收费方为经营性公路企业，是一般纳税人，选择一般计税。
处理：通过增值税发票平台勾选认证，按9%税率全额抵扣。
场景3：收到5%桥闸通行费发票
原因：桥梁、闸道属于不动产经营租赁，适用5%简易计税。
处理：按发票金额?(1 5%)?5%计算抵扣（如发票金额105元，可抵5元）。
四、政策依据与注意事项
政策文件
《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税〔2017〕90号）
2018年1月1日起，通行费电子普通发票统一通过增值税发票系统开具。
操作要点
3%和5%的电子普通发票需手动计算税额填入申报表（附表二第8b栏）；
9%的专用发票直接勾选认证。
区分发票类型：电子普通发票需通过“增值税发票查验平台”验证真伪。
抵扣规则：
禁止抵扣：未注明税额的纸质通行费发票（如定额发票）不得抵扣。
